As terras do atual Horto do Fonseca faziam parte inicialmente da sesmaria concedida ao índio Araribóia datada em 1568. Posteriormente, passados aproximadamente cem anos, foram vendidas pelos jesuítas a particulares. Seu tamanho chegou a ser medido em 1891, alcançando uma área total de 387 mil metros quadrados. Tornou-se em 1905, patrimônio estadual por decisão judicial a partir da iniciativa do então Governador do Estado Nilo Peçanha.

Por decreto datado em 16 de maio de 1906, o Governador Nilo Peçanha estabeleceu a criação do Horto Botânico de Niterói a fim de cultivar e distribuir a fazendeiros e lavradores sementes e mudas de frutas, plantas têxteis e medicinais e ainda deu início a construção das grades, cercas laterais e administração do local. Sua inauguração ocorreu em 20 de outubro do mesmo ano, onde plantou-se o primeiro coqueiro da Bahia. Já neste momento eram plantados também nas encostas laranjas, abacate, cana e plantas para industria têxtil e alimentos de animais. Em 1912, foi iniciado no Horto do Fonseca o cultivo de uvas, chegando-se a projetar um sofisticado pavilhão para exposições agrícolas.

A Prefeitura de Niterói realizou diversas obras de revitalização no Horto do Fonseca orçamentado em aproximadamente 7 milhões de reais em uma parceria com o Governo Estadual. Foi construído no local do Jardim Zoológico, uma área de lazer que conta com aproximadamente 8 mil metros quadrados, divididos entre pistas de patins e caminhada, playground, local de convivência, quiosques, banheiros, bicicletários, coreto reformado, duas academias, rotas de acessibilidade para portadores de deficiência e conta também com um belo lago na parte da frente. Os visitantes podem praticar atividades físicas ou brincar com skate.

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